Původní stavba pocházela snad z první poloviny 16. století. Do roku 1622 sloužil kostel Jednotě bratrské. Aby se zde při dobývání města neopevnilo cizí vojsko, byl v roce 1626 zbořen. Za moru v letech 1668 - 1680 vystavěl kníže Dietrichštejn na stejném místě barokní kostelík sv. Šebestiána s dřevěným kasetovým stropem, který vymaloval místní malíř Mikuláš Franta. Po uzavření kostelíka za Josefa II. byl v roce 1786 přeměněn na skladiště soli. V roce 1923 byla stavba vrácena českobratrské cirkvi a renovována do dnešní podoby.